Photo Photo Photo Photo Photo Photo

Print
E-mail
Biology: Genetic Diversity Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis for Aspergillus niger isolates

 

Genetic Diversity Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis for Aspergillus niger isolates

Qadisiyah H. Hashoosh1*, Alaa M.Y. Al-Araji1, Akeel H. Al-Assie2

1 Department of Biology, College of Science, University of Baghdad, Baghdad, Iraq

2Department of Biology, College of Science, University of Tikrit, Tikrit, Iraq

Abstract

This study includes isolation, purification, and identification of Aspergillus niger from different sources (soil, Seeds, powdered milk and factory waste water) by traditional methods (macroscopic and microscopically). and study the relationships of genetic among the A. niger isolates based PCR (RAPD) technique (find the DNA fingerprint). The results of this study revealed that genetic diversity and relationships among twenty four isolates were determined by using the random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. Genomic DNA of each isolates was extract at final concentration of (115-959) μg /l per (2-3) gm of wet mycelium, and at a purity (1.7-1.9). Each DNA of isolates were amplified with each 24 primers and the products were resolved electrophoretically on 1.2% agarose gel, stained with ethidium bromide and photographed under UV light. Ten primers failed to amplify DNA of A. niger  isolates but the rest 14 primers produced 367 bands, of these bands 99.4% (365) bands were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 130-2840 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 86-100%. All primer have given unique bands. The primers were fingerprinted 21 of the 24 isolates. Genetic distances ranged from 0.11496 to 0.68088 between  A. niger isolates. Also, cluster analysis of genetic distances between these isolates have divided into groups according to the source, which isolated them and this indicates the presence of a high level of genetic kinship samples  isolated from the same source at the same time which indicates the presence of a high level of genetic distance between samples isolated from different sources.

التغايرات الوراثية باستخدام مؤشرات التضاعف العشوائي لعزلات فطر الرشاشيات الاسود

قادسيه هلال حاشوش1 , علاء محسن ياسين الاعرجي1, عقيل حسين علي العاصي2

1قسم علوم الحياة, كلية العلوم, جامعة بغداد, بغداد, العراق

2قسم علوم الحياة, كلية العلوم, جامعة تكريت, تكريت, العراق

الخلاصة

تضمنت الدراسة الحالية عزل وتنقية وتشخيص فطر الرشاشيات الاسود من مصادر مختلفة (التربة, البذور, الحليب المجفف, فضلة مياه صناعية) باستخدام الطرق التقليدية التي تعتمد على المظهر الخارجي للمستعمرة وشكل الفطر تحت المجهر الضوئي و ايجادالعلاقة الوراثية للعزلات باستخدام تقنية مؤشرات التضاعف العشوائي متعدد الاشكال للدن(ايجاد البصمة الوراثية), وجرى استخلاص الدنا من كل عزلة وبتركيز نهائي قدره (115-959) مايكروغرام/مللتر  لكل 2-3 غرام من الغزل الفطري الرطب وبنقاوه (1,7-1,9). تم ايجاد العلاقة الوراثية بين 24 عزلة من فطر الرشاشيلت الاسود بواسطة 24 بادئا وفرزت النتائج بالترحيل الكهربائيا خلال هلام الاكاروز ذي تركيز 1,2% والمصبغ بالمادة المتالقة بروميد الاثيديوم والتصوير تحت الاشعة فوق البنفسجية , وقد اخفق عشرة  من البوادئ في دعم عملية التضاعف  بينما افلح 14 بادئ اخر في ذلك. كل البواديء اعطت بصمة وراثية، ولقد استطاعت تقنية التضاعف العشوائي بتحديد البصمة الوراثية 21عزلة من العزلات الاربعه وعشرين المعزولة وذلك من خلال ظهور حزم مؤشرات فريدة اثناء مضاعفة الدنا لكل عزلة مع واحد او اكثر من البوادئ الاثنى عشر, البعد الوراثي يتراوح بين (0,11469-0,68088) بين عزلات فطر الرشاشيات الاسود المدروسة وقد تجمعت العزلات الاربعة والعشرين في المخطط الشجري في مجموعتين رئيسيتين. كما أن التحليل العنقودي للمسافات الوراثية بين قد قسم  العزلات في مجموعات حسب المصدر التي عزلت منها وهذا يدل على وجود مستوى عال من القرابة الوراثية للعزلات المعزولة من نفس المصدر و في نفس الوقت يدل على وجود مستوى عال من البعد الوراثي بين العزلات المعزولة من مصادر مختلفة. 


alt

 

S5 Box

Login



Register

*
*
*
*
*

Fields marked with an asterisk (*) are required.